Ett bakterieflagell är inte uppbyggt som ett flagell hos en eukaryot cell. Bakterieflagellet är en lång tråd av en mängd olika proteiner som tränger igenom plasmamembranet och cellväggen. Till skillnad från ett eukaryot flagell är det alltså inte omgivet av cellmembranet. Tråden består av en förankring i cellmembranet, en utanförliggande motor samt en tåt som sträcker sig ut i vattnet. Motorn får tåten att slå i vattnet.