Agarosgelelektrofores
Agarosgelelektrofores är en speciell sorts elektrofores. Elektrofores-metoden används för att analysera makromolekyler[1]. I en gelelektrofores placeras ett elektriskt fält över en gjuten gel, och man utnyttjar fenomenet att molekyler som har olika storlek, olika laddning eller olika massa vandrar olika långt i gelen. Det som skiljer agarosgelektrofores från andra elektrofores metoder är att man använder agaros, en speciell organisk linjär polysackarid.
Agarosgelektrofores med DNA redigera
En vanlig metod för att analysera DNA är att använda agrosgelektrofores. Vanligtvis använder man restriktionsenzymer som är en typ av enzymer som kan klyva DNA-molekyler vid platser specifika för just det restriktionsenzymet. Vid klyvning skapas kortare och mer lätthanterade bitar[2]. Vanligtvis klipper restriktionsenzymer vid DNA-palindrom, men det finns undantag[vilka?]. För att genomföra en elektrofores gjuts agarosgel i en form, genom att hetta upp agaros i en buffer, och när vätskan svalnar i gjutformen bildas agarosgelen. Innan agarosgelen svalnat placeras en kam i ena änden av gjutformen, så att kammen kan bild hålrum i gelen, s.k. brunnar. I brunnarna kan prover som t.ex. klyvt DNA kan laddas. Gelen placeras i ett elektroforeskärl och en buffert hälls på. Först nu bör kammen tas bort då brunnarna annars riskerar att skadas. DNA bör blandas med laddningsfärg innan det placeras i brunnarna, vanligtvis med en automatpipett. När sedan en spänning placeras genom elektroforeskärlet och genom gelen kommer de negativt laddade DNA-bitarna börja vandra genom gelen mot den positiva anoden. Långa DNA-bitar kommer bromsas mer av gelen, medan kortare fragment vandrar snabbare genom gelen. På så viss kan DNA-bitar med olika storlek separeras ifrån varandra. Är laddningsfärgen UV-reaktiv kan man sedan se hur långt DNA:t vandrar om det belyses med UV-ljus, men oftast används färgade ämnen som kan ses direkt med ögat. Efter separationen belyses DNA och de olika DNA-bitarna kan ses som streck, vilka kallas band.
Referenser redigera
- ^ ”Agarosgelelektrofores av DNA”. Arkiverad från originalet den 29 april 2014. https://web.archive.org/web/20140429114934/http://ehinger.nu/undervisning/index.php/kurser/bioteknik/laborationer-och-oevningar/jobba-med-dna/5772-agarosgelelektrofores-av-dna.html. Läst 29 januari 2015.
- ^ ”Klyvning av λ-DNA med restriktionsenzymer”. Arkiverad från originalet den 29 april 2014. https://web.archive.org/web/20140429050104/http://ehinger.nu/undervisning/index.php/kurser/bioteknik/laborationer-och-oevningar/jobba-med-dna/5790-klyvning-av-l-dna-med-restriktionsenzymer.html. Läst 30 januari 2015.