Wikipedia

Fil:Gloeodontia-Maximum Likelihood-Tree.svg

Originalfil ‎(SVG-fil, standardstorlek: 457 × 478 pixlar, filstorlek: 31 kbyte)

Wikimedia Commons Denna fil tillhandahålls av Wikimedia Commons. Informationen nedan är kopierad från dess filbeskrivningssida.
Beskrivning

Figure. Molecular Phylogenetic analysis of Gloeodontia by the Maximum Likelihood method
The evolutionary history was inferred by using the Maximum Likelihood method based on the Kimura 2-parameter model [1]. The tree with the highest log likelihood (-5982.7851) is shown. The percentage of trees in which the associated taxa clustered together is shown next to the branches(only if over 50%). Initial tree for the heuristic search were obtained by applying the Neighbor-Joining method to a matrix of pairwise distances estimated using the Maximum Composite Likelihood (MCL) approach. A discrete Gamma distribution was used to model evolutionary rate differences among sites (5 categories (+G, parameter = 0.5405)). The rate variation model allowed for some sites to be evolutionarily invariable ([+I], 60.1162% sites). The tree is drawn to scale, with branch lengths measured in the number of substitutions per site. The analysis involved 20 nucleotide sequences. All positions with less than 95% site coverage were eliminated. That is, fewer than 5% alignment gaps, missing data, and ambiguous bases were allowed at any position. There were a total of 1461 positions in the final dataset. Evolutionary analyses were conducted in MEGA6 [2].

1. Kimura M. (1980). A simple method for estimating evolutionary rate of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences. Journal of Molecular Evolution 16:111-120.
2. Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., and Kumar S. (2013). MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. Molecular Biology and Evolution30: 2725-2729.


List with GenBank Sequences, which were used for the ML-Tree.
Datum
Källa Eget arbete
Skapare Thkgk
Tillstånd
(Återanvändning av denna fil)
Jag, upphovsrättsinnehavaren av detta verk, publicerar härmed det under följande licens:
Creative Commons CC-Zero Denna fil har gjorts tillgänglig under licensen Creative Commons CC0 1.0 Universal Public Domain Dedication.
Personen som kopplade ett verk till detta dokument har tillägnat arbetet till Allmänheten genom att, i den utsträckning som tillåts i lag, avstå från alla sina rättigheter till verket i hela världen som han eller hon skulle haft för verket enligt upphovsrätten och alla relaterade eller närliggande juridiska rättigheter. Du kan kopiera, modifiera, sprida och visa upp verket, även för kommersiella ändamål, utan att fråga efter godkännande från upphovsmannen.

Bildtexter

Ingen bildtext har definierats

Objekt som porträtteras i den här filen

motiv

Filhistorik

Klicka på ett datum/klockslag för att se filen som den såg ut då.

Datum/TidMiniatyrbildDimensionerAnvändareKommentar
nuvarande24 augusti 2014 kl. 09.42Miniatyrbild för versionen från den 24 augusti 2014 kl. 09.42457 × 478 (31 kbyte)Thkgk{{Information |Description='''Figure. Molecular Phylogenetic analysis of ''Gloeodontia'' by the Maximum Likelihood method '''<br/> The evolutionary history was inferred by using the Maximum Likelihood method based on the Kimura 2-parameter model [1]. T...

Följande sida använder den här filen:

Global filanvändning

Följande andra wikier använder denna fil:

Metadata

Den här filen innehåller extrainformation som troligen lades till av en digitalkamera eller skanner när filen skapades. Om filen har modifierats kan det hända att vissa detaljer inte överensstämmer med den modifierade filen.

Hämtad från ”https://sv.wikipedia.org/wiki/Fil:Gloeodontia-Maximum_Likelihood-Tree.svg”