Aquaria Vattenmuseum är ett biologiskt museum, beläget på Södra Djurgården i Stockholm. Lokalerna invigdes 1991 och stängs permanent 30 september 2018.
Där vattenmuseet nu ligger fanns fram till 1988 Wasavarvet, som var den första provisoriska utställningshallen för regalskeppet Vasa. År 1990 flyttade Vasamuseet in i sina nuvarande lokaler och den gamla anläggningen byggdes om till vattenmuseum och till Alkärrshallen, som är vagnhall för Djurgårdslinjen.
I vattenmuseet visas olika vattenmiljöer, som regnskogen, tropiska hav och vår nordiska miljö. Aquaria har gestaltat den sydamerikanska regnskogen som en varm och fuktig miljö. Här simuleras natt och dag, åska och regn i en levande regnskog. I vattnet finns bland annat jättemalar, stingrockor, arowanor och på land paddor, insekter och fjärilar.
I avdelningen för tropiska hav finns ett hajakvarium med revhajar, koraller, anemoner och clownfiskar, samt ett korallrev med mandarinfiskar, sjögurkor, putsarräkor och jättemusslor. I den nordiska avdelningen har museet bland annat en bergsjö med röding samt en laxfors.
Aquaria stänger sin verksamhet permanent 30 september 2018 efter att ha under 26 år fungerat som både ett vattenmuseum och en restaurang, och djuren som finns där ska få nya hem efter det.