Franz-Josefsbanan byggdes av järnvägsbolaget k.k. privilegierte Kaiser Franz-Josefs-Bahn och öppnades 1870. Då var det en huvudbana som förband Wien med staden Eger (idag Cheb i Tjeckien). Strax efter 1900 utbyggdes banan till dubbelspår. Efter första världskriget och dubbelmonarkins upplösning drogs gränsen mellan Österrike och Tjeckoslovakien vid Gmünd och banan delades. 1959 och 1969 revs ett spår från Absdorf till gränsen.
Fram till 1990-talet kördes fjärrtågen mellan Wien och Prag och Berlin på Franz-Josefsbanan, men därefter flyttades fjärrtrafiken till nordbanan. Idag är Franz-Josefsbanan i första hand av regional betydelse. Det enda internationella tåget går från Wien till Českė Budĕjovice.
