Johannes II av Trabzon, född okänt år, död 1297, var regerande kejsare av Trabzon från 1280 till 1284 och från 1285 till 1297. Han var gift med Eudokia Palaiologina.

Företrädare:
Trabzon
Kejsare av Trabzon (regent)
12801284
Efterträdare:
Theodora av Trabzon
Företrädare:
Theodora av Trabzon
Kejsare av Trabzon (regent)
12851297
Efterträdare:
Alexios II av Trabzon